Центральным органом управления тылом ВМФ являлось Главное управление портов. Оно осуществляло руководство снабжением общевойсковыми видами материальных средств (топливо 513 , продовольствие, обозно-вещевое и шкиперско-хозяйственное имущество), вспомогательным флотом, автотракторной службой, кадрами служащих и инспекциями (противопожарной и котлонадзора). Эти ответственные участки тыла центра ВМФ перед войной возглавлял генерал-лейтенант береговой службы С. И. Воробьев. Заместитель народного комиссара ВМФ адмирал Л. М. Галлер руководил центральными управлениями, которые занимались вопросами кораблестроения, артиллерийского и минно-торпедного вооружения, судоремонта. Руководство береговым строительством осуществлял заместитель наркома ВМФ адмирал Г. И. Левченко через подчиненные ему Инженерное и Строительное управления.
Во второй половине 30-х годов была проведена реорганизация тыла на флотах и в военно-морских базах. Вместо устаревших военных портов на флотах были созданы военно-морские базы, каждая из которых имела свой тыл. В 1939 г. учреждается должность начальника тыла флота, которому были подчинены службы снабжения основными видами материальных средств, служба технического обеспечения, вспомогательный флот, автомобильный транспорт, квартирно-эксплуатационная служба и некоторые другие. Все довольствующие службы тыла флота имели свои склады и производственные предприятия. В подчинение начальника тыла флота не вошли: медицинская и инженерная службы, органы военных сообщений и некоторые другие по специальным видам снабжения. Аналогичная структура была принята и для тыла военно-морской базы.
Реорганизация позволила укрепить тыл флотов и тыл военно-морских баз. Было достигнуто однообразие их организационной структуры, повысилась оперативность руководства тыловыми частями, подразделениями и учреждениями, стало возможным комплексное решение основных проблем тылового обеспечения сил флота. Тыл флотов превратился в мощную организацию по всестороннему тыловому обеспечению боевых действий кораблей, а военно-морские базы получили полную хозяйственную самостоятельность. Создание самостоятельных органов управления тылом разгружало командование, штабы флотов и баз от решения многих хозяйственных задач, расширяло их возможности по руководству боевой подготовкой, позволяло больше уделять внимания планированию и руководству боевой деятельностью оперативных объединений и соединений.
В предвоенные годы велось большое базовое строительство. Военно-морские базы — это основа тыла флота. Поэтому был взят курс на создание единой, взаимосвязанной системы военно-морских и авиационных баз на каждом морском театре военных действий, способных обеспечить рассредоточенное базирование и развертывание разнородных сил флота, ведение боевых действий в пределах морского театра на всех операционных направлениях. Затраты на капитальное строительство с 1938 по 1940 г. выросли в 1,5 раза 514 . В целях экономии сил и средств старые базы реконструировались, а на новых флотах создавались новые базы. В некоторых случаях для развертывания военно-морских баз использовалась часть территории торговых портов.
Созданная перед войной система баз в основном обеспечивала базирование сил флотов и ведение боевых операций. Однако в целом базовое строительство отставало от быстрого роста флотов. Наша страна, представлявшая собой гигантскую стройку, не могла выделить больше денежных и материальных средств для капитального строительства на флотах. Недостаток военно-морских баз сдерживал рост корабельных сил и авиации Северного флота. Не хватило времени и для реконструкции военно-морских баз вдоль побережья Балтики, полученных в результате вступления Эстонии, Латвии и Литвы в состав Советского Союза.
В связи с обострением международной обстановки Наркомат ВМФ на основании указаний ЦК партии и Советского правительства провел ряд важных мероприятий по созданию запасов материальных средств 515 . За короткий период в ВМФ были созданы значительные запасы вооружения, боеприпасов, боевой техники и других материальных средств, необходимых для оснащения вступивших в строй кораблей, развертывания сил флотов и флотилий по планам военного времени и обеспечения первых операций. Мобилизационные запасы накапливались с учетом географического расположения флотов: на западных театрах военных действий они были меньше, на восточном театре — больше 516 .
К началу войны вся артиллерия ВМФ была обеспечена одним корабельным или одним батарейным (в береговой обороне) комплектом боеприпасов. Кроме того, был создан мобилизационный запас боеприпасов в среднем на 20 процентов годовой потребности сил флота. За предвоенные годы запасы торпед были увеличены в 3,3 раза, мин — в 2,1 раза, глубинных бомб — в 1,5, тралов — в 1,2 раза 517 . Запасы жидких видов топлива составляли 25–29 процентов годовой потребности ВМФ (на 91— 111 дней ведения боевых действий), угля — 44 процента, продовольствия — примерно на 60–75 суток. Кроме того, на складах Управления государственных материальных резервов для ВМФ был создан мобилизационный запас продовольствия на шесть месяцев ведения войны. Были созданы также достаточные запасы авиационных моторов, готовых агрегатов и запасных частей к самолетам, авиационного, технического и автотракторного имущества. Запасы вещевого имущества (с учетом запасов текущего снабжения) удовлетворяли потребности личного состава ВМФ на год. По отдельным предметам шкиперского имущества запасы достигали 14-месячной потребности 518 .
Созданные запасы обеспечили развертывание ВМФ и ведение боевых действий в течение длительного времени. По отдельным видам материальных средств созданные перед войной запасы позволили снабжать флоты в течение двух-трех лет войны. Особенно важную роль сыграли запасы по специальным морским видам снабжения (торпеды, мины, шкиперское и техническое имущество), а также запасы продовольствия, топлива, вещевого имущества.
Большое внимание уделялось строительству укрытых и защищенных складов. Плановое строительство складов на флотах началось еще в 30-х годах. Были разработаны обширные планы строительства центральных складов в различных районах нашей страны, флотских складов и складов военно-морских баз. Такая система складов могла обеспечить эшелонированное и рассредоточенное хранение запасов всех видов материальных средств, маневрирование ими и нормальное снабжение сил флотов, флотилий и баз. Однако завершить эти планы не удалось. К началу войны только часть центральных управлений имела свои склады. Не были достроены и флотские склады. В силу этого все запасы материальных средств на флотах находились в одном эшелоне, то есть в военно-морских базах. В связи с недостатком складской площади часть имущества и техники хранилась на открытых площадках 519 .
При разработке программ строительства ВМФ ЦК ВКП(б) и Советское правительство уделяли большое внимание созданию ремонтной базы на флотах. В основе организации технического обеспечения сил флотов лежал принцип, по которому ВМФ самостоятельно осуществлял текущий и частично средний ремонт кораблей, береговых батарей, самолетов и всех видов вооружения и техники. Модернизация, капитальный и часть среднего ремонта возлагались на соответствующие отрасли промышленности — поставщиков техники. В соответствии с этим техническое управление ВМФ имело на каждом флоте и флотилии свои судоремонтные предприятия. Кроме того, на каждом флоте были созданы предприятия по ремонту различных видов вооружения и техники. С 1937 по 1941 г. число судоремонтных предприятий увеличилось с 15 до 20, рабочих — более чем в 1,5 раза, выпуск валовой продукции — в 3,5 раза, а объем судоремонта — в 4 раза. В 1940 г. предприятия ВМФ выполнили 48 процентов общего объема судоремонта 520 . Остальной ремонт кораблей выполнялся на заводах Наркомата судостроительной промышленности и других наркоматов.